外顯子組測序（WES）
權威的突變鑒定軟件：采用權威的GATK，muTect，VarScan2等軟件更準確鑒定突變。
技術路線
分析內容
樣本類型
人的細胞，組織，全血，總DNA等
建議總DNA起始量：5 μg，最低1 μg，濃度≥50 ng/μL(Qubit定量)
外顯子組測序發(fā)現LDLR和APOA5罕見變異增加心肌梗塞風險
研究背景
心肌梗塞（Myocardial infarction，MI）是一種在全世界范圍內致人死亡的常見原因，表現為一種復雜的遺傳模式。當MI發(fā)生于人生早期（男性≤50歲發(fā)病，女性≤60歲發(fā)病），遺傳因素是主要的風險因素。之前的研究發(fā)現，LDL（low-density lipoprotein）基因上的罕見變異增加單個家庭中的成員發(fā)生MI風險，而其常見變異與人群中的MI風險相關。該研究關注LDL基因上的罕見變異是否會增加人群在早期發(fā)生MI的風險。
研究結果
研究人員通過結合外顯子組測序、基因芯片、靶向測序在大量疾病和對照樣本的篩選與MI相關的罕見變異（需要至少10000樣本量才能達到80%的統計功效）。研究人員再對篩選到的罕見變異（MAF<1%）進行分組，包括Nonsynonymous、Deleterious（PolyPhen）、Deleterious（broad）、Deleterious（strict）和Disruptive組，采用Burden檢驗法對這些罕見變異集合進行關聯性分析找出與MI顯著相關的罕見變異，最后通過計算OR值判斷這些罕見變異導致MI的風險。經過分析發(fā)現MI患者的2個基因含有罕見變異的頻率顯著高于正常人。攜帶LDLR（low-density lipoprotein receptor）罕見非同義突變患MI風險比正常人高4.2倍，攜帶LDLR 無義突變患MI的風險高13倍。大約2%的早期MI患者LDLR基因含有罕見致病突變。攜帶APOA5基因罕見非同義突變患MI的風險增加2.2倍。與非攜帶者相比，LDLR突變攜帶者的血漿LDL膽固醇較高，APOA5突變攜帶者的血漿甘油三酯較高?？偨Y其它研究結果來看，脂蛋白甘油三酯以及LDL膽固醇代謝紊亂會增加MI患病風險。
圖1 (a)通過對9793例樣本進行測序發(fā)現位于LDLR的罕見變異（包括MAF<1%的包括無義變異、可變剪切變異、移碼變異）。(b) 在不同罕見變異分組中患者的LDL膽固醇水平。
參考文獻
Do, R., et al., Exome sequencing identifies rare LDLR and APOA5 alleles conferring risk for myocardial infarction. Nature, 2015. 518(7537): p. 102-6.
